代表的な腸内細菌は作用によって3種類に分類されます。

善玉菌は消化吸収の補助や免疫刺激など、健康維持や老化防止などへ影響がある菌で、代表的な菌にはビフィズス菌や乳酸菌があります。

反対に悪玉菌はからだに悪い影響を及ぼすとされ、代表的な菌にはウェルシュ菌・ブドウ球菌・大腸菌の有毒株があります。

また日和見菌は健康なときはおとなしくしているが、からだが弱ったりすると腸内で悪い働きをする（日和見菌感染症の発症）菌で、代表的なものにバクテロイデス・大腸菌（無毒株）・連鎖球菌があります。